O CNE foi criado pelo Decreto-Lei n.º 125/82, de 22 de abril, como um órgão independente com funções consultivas em matéria de política educativa. Decorridas três décadas desde a sua criação, e de forma a adequar a representação social no CNE à realidade nacional, foi aprovada pelo Decreto-Lei n.º 21/2015 de 3 de fevereiro a nova lei orgânica do Conselho Nacional de Educação.
 
As alterações introduzidas visam a participação de entidades anteriormente sem representação ou com défice de representatividade, na área da educação especial, das sociedades científicas, do desporto e das comunidades portuguesas no mundo e das comunidades de imigrantes.

Destacam-se igualmente a introdução da figura do parecer prévio obrigatório por parte do CNE, sobre os projetos e propostas de lei que visem proceder à alteração da Lei de Bases do Sistema Educativo, e o reforço e a valorização da vertente técnica e científica na ação do CNE.